La Cuenca del Alto Atoyac, entre Puebla y Tlaxcala, constituye una de las regiones de contaminación industrial y urbana más documentadas de México. Más de seis décadas de industrialización, crecimiento urbano, descarga de aguas residuales, transformación agrícola y regulación ambiental insuficiente han deteriorado los ríos Atoyac, Zahuapan, Xochiac y sus afluentes. En 2011, el gobierno federal reconoció oficialmente la alteración de la calidad del Atoyac y el Xochiac por descargas industriales y municipales. En 2017, la Comisión Nacional de los Derechos Humanos documentó violaciones a los derechos a un medio ambiente sano, al saneamiento del agua y al acceso a la información. La investigación científica posterior ha registrado mezclas complejas de metales, compuestos orgánicos, plaguicidas y otros contaminantes, así como indicadores de exposición y daño biológico en poblaciones de la cuenca. La contaminación continúa activa. En 2026 el diagnóstico gubernamental reportó alrededor de 4,900 puntos de descarga a lo largo de los ríos Atoyac y Zahuapan. Por número, la mayoría corresponde a descargas domésticas y municipales, mientras que las industriales representan un problema de toxicidad y regulación especialmente complejo. El gobierno federal ha iniciado un nuevo programa de saneamiento, mientras organizaciones comunitarias mantienen la exigencia de detener las fuentes contaminantes, reparar los daños y garantizar su participación efectiva en las decisiones sobre la cuenca. Para efectos del programa federal de saneamiento iniciado en el actual sexenio, la cuenca comprende 70 municipios, 48 de Tlaxcala y 22 de Puebla. La delimitación empleada por la revisión científica de Torres, Ramírez-Anguiano y Arroyo-Ortega comprende 69 municipios, 47 de Tlaxcala y 22 de Puebla.